FICOTOX cuenta con diferentes tipos de instalaciones para poder elaborar eficazmente, estas son las siguientes:
Área de preparación de muestras. Equipada con lo necesario para realizar el procesamiento de muestras garantizando resultados de calidad.
Área de Cromatografía. Equipada con 4 cromatógrafos de líquidos, uno de ellos acoplado a un espectrómetro de masas (LCMS/MS).
Área de Microscopía. Dedicada al análisis de la comunidad fitoplanctónica y equipada con un microscopio invertido Leica DMI3000B con cámara integrada y microscopio óptico DM500.
Área de Bioensayos. Con la capacidad para recibir hasta 50 ratones y ejecutar los procedimientos de análisis respetando los códigos de ética en el manejo de animales de experimentación.